Zakres zainteresowań naukowych mieści się w obszarze nauk ścisłych, dziedzinie nauk matematycznych, dyscyplinie informatyka, i dotyczy głównie

• teoretycznych podstaw reprezentacji wiedzy, w tym wiedzy nieostrej, ze szczególnym uwzględnieniem teorii zbiorów przybliżonych i logik deskrypcyjnych,

• teoretycznych zagadnień związanych z biomolekularnymi automatami DNA.

Wybrane publikacje:

• Waldmajer Jacek, Bonikowski Zbigniew, Sakowski Sebastian: Theory of tailor automata, Theoretical Computer Science, Elsevier B.V., vol. 785, 2019, 60-82, DOI:10.1016/j.tcs.2019.02.002
• Wybraniec-Skardowska Urszula, Bryniarski Edward, Bonikowski Zbigniew : Rough Pragmatic Description Logic, w: Rough Sets and Intelligent Systems - Professor Zdzisław Pawlak in Memoriam. Vol. 2 (red. Andrzej Skowron, Zbigniew Suraj), Springer , Berlin Heidelb erg New York, ISBN: 978-3-642-30340-1, 2013, 157-184
• Waldmajer Jacek, Wybraniec-Skardowska Urszula, Bonikowski Zbigniew, Bryniarski Edward, Realistic Premises of Epistemic Argumentation for Dynamic Epistemic Logics, w: Studies in Logic, Grammar and Rhetoric Special, Issue: Argument and Computation, vol. 23(36) (2011) (red. Marcin Koszowy), Wydawnictwo UwB, Białystok, 2011, 173-187
  
• Bonikowski Zbigniew, Unit Operations in Approximation Spaces, w: Rough Sets and Current Trends in Computing, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 6086 (red. Marcin Szczuka, Marzena Kryszkiewicz, Sheela Ramanna, Richard Jensen, ), Springer, Berlin Heidelberg, 2010, 337-346
  
• Wybraniec-Skardowska Urszula, Bonikowski Zbigniew: Vagueness and Roughness, Lecture Notes in Computer Science, 5390, 2008, 1-13
• Bonikowski Zbigniew, Wybraniec-Skardowska Urszula, Rough Sets and Vague Sets, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 4585, 2007, 122–132
• Bonikowski Zbigniew, Algebraic Structures of Rough Sets in Representative Approximation Spaces, Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 82, 2003, 1-12
  
• Bonikowski Zbigniew, Bryniarski Edward, Wybraniec-Skardowska Urszula: Extensions and intentions in the rough set theory, Journal of Information Science, 107, 1998, 149-167
• Bonikowski Zbigniew, A Certain Conception of the Calculus of Rough Sets, Notre Dame Journal of Formal Logic, 33, 1992, 412-421
  

Ponad dwudziestoletnie doświadczenie w prowadzeniu zajęć dydaktycznych z informatyki, w tym z baz danych i systemów komputerowych.

Koordynator kierunku informatyka o profilu ogólnoakademickim (od 2020).

Nagroda Quality w roku akademickim 2022/2023 przyznana przez Rektora Uniwersytetu Opolskiego z a działalność na rzecz podnoszenia jakości kształcenia w Uniwersytecie Opolskim.